穿梭车货架与贯通式货架均是由牛腿式重型货架作为主要载体进行存储货物的， 二者的空间利用率都很高几近相同。

不同的是，贯通式货架是直接通过叉车在纵向的巷道里进行存储作业，而穿梭车货架则是在牛腿式货架的基础上，在货架上加装了轨道，由穿梭车来进行纵向来回存储作业。

相比于贯通式货架的叉车巷道进出存取货物方式，穿梭车的优点是避免人工开叉车出现失误频繁撞击货架，导致货架不稳固，容易造成事故问题。穿梭车是穿梭式货架系统的重要组成部分，能够方便快捷准确的执行货物出入库、盘点等工作。穿梭车依托自动化控制程序运转执行单个托盘或多个托盘连续出入库操作，通过叉车可将穿梭车放置在不同的巷道使用，多个巷道可共用同一台车子，周转效率较高，穿梭车的数量可根据巷道、出货频率等因素决定。